Лаборатория водной экологии

    Заведующий лабораторией - к.б.н. доцент Кириллов Владимир Викторович.
    В лаборатории проводятся комплексные исследования пространственно-временной организации биогидроценозов бассейна реки Оби и Обь-Иртышского междуречья, биоразнообразия водных экосистем на цитогенетическом, видовом, биоценотическом и экосистемном уровнях.
 

Лаборатория биогеохимии

    Заведующий лабораторией - д.б.н., профессор Пузанов Александр Васильевич
    В лаборатории проводятся исследования биогеохимии макро- и микроэлементов, естественных и искусственных радионуклидов, оценивается влияние на окружающую среду ракетно-космической деятельности.
    В состав лаборатории входит группа морфолитогенеза водоемов и их побережий.
 

Лаборатория гидрологии и геоинформатики

    Заведующий лабораторией - к.ф.-м.н. Зиновьев Александр Тимофеевич.
    В лаборатории проводятся исследования процессов формирования водного и гидрохимического стока в речных бассейнах, разрабатываются методы оценки и прогнозирования количества и качества поверхностных и подземных вод, разрабатываются и совершенствуются методы математического моделирования гидрофизических и гидрологических процессов с использованием ГИС-технологий, создаются информационно-моделирующие и геоинформационные системы природоохранного назначения.
 

Лаборатория ландшафтно-водноэкологических исследований и природопользования

    Заведующий лабораторией  - д.г.н., профессор Винокуров Юрий Иванович

    Основной целью научных исследований лаборатории является выполнение фундаментальных и прикладных разработок в области изучения водных ресурсов Сибири, их формирования, мониторинга и использования (на основе бассейнового подхода); разработки научных основ охраны окружающей среды  и рационального природопользования с учетом антропогенных изменений климата на основе развития и применения естественно-научных, картографических и экономико-географических методов, информационных технологий. 
 

Лаборатория экологии атмосферы

    Заведующий лабораторией - д.ф.-м.н. профессор Суторихин Игорь Анатольевич.
    В лаборатории проводятся комплексные исследования влияния источников выбросов и атмосферных процессов на качество атмосферного воздуха, изучаются микрофизические характеристики тропосферного аэрозоля для территории с многообразием природно-климатических условий, а также особенности процессов энерго- и массообмена между подстилающей поверхностью и атмосферой в естественных и преобразованных геосистемах.
  
 

Химико-аналитический центр

    Начальник центра - д.х.н. Папина Татьяна Савельевна.
    Центр аккредитован на техническую компетентность и независимость Федеральным агентством по техническому регулированию и метрологии РФ. В центре проводится анализ объектов окружающей среды (поверхностные, подземные и питьевые воды, осадки, почвы, биотические объекты) на содержание токсичных элементов, минеральных, органических и биогенных веществ; изучается поведение и процессы трансформации загрязняющих веществ в водных экосистемах; проводятся гляциохимические исследования высокогорных ледников Алтая для реконструкций палеоклимата и оценки уровня загрязнения атмосферы в Центрально-азиатском регионе.
 

Новосибирский филиал

    Директор филиала - к.т.н. доцент Атавин Аркадий Анатольевич
    В филиале проводится анализ и оценка гидрологического и экологического состояния водных объектов, разработка математических моделей гидрофизических, гидрохимических процессов в водных объектах, анализ и математическое моделированиеэкстремальных гидрологических явлений.
    В состав филиала входят группа советника РАН, лаборатория моделирования гидрофизических процессов, центр водно-экспедиционных исследований.
 

Горно-Алтайский филиал

    Директор филиала - доцент Ельчининова Ольга Анатольевна
    В филиале проводится анализ и оценка природно-климатических условий и ресурсов Горного Алтая, · мониторинг и прогноз перспективного освоения минерально-сырьевых ресурсов, в том числе воды для питьевого и хозяйственного водоснабжения, разработка моделей устойчивого развития горных территорий в современных социально-экономических и природных условиях.
 

Лаборатория геоэкологических и водных проблем (г.Кемерово)

    Заведующий лабораторией - д.т.н. Счастливцев Евгений Леонидович
    В лаборатории проводятся комплексные исследования по мониторингу, оценке и прогнозу геоэкологического состояния угледобывающих территорий на базе современных геоинформационных технологий.


    Институт располагает 3 стационарами: Телецкий (лимнологический) и Кызыл-Озекский (почвенно-биологический) в Республике Алтай, Нижне-Обской (гидролого-гидробиологический) в Тюменской области.